病毒性呼吸道感染在马中很常见;最显著的是马疱疹病毒感染、马流感和马病毒性动脉炎。临床表现相似,包括发热、浆液性鼻溢液、下颌下淋巴结肿大、厌食和咳嗽。除呼吸道疾病外,马疱疹病毒1型(EHV-1)可引起流产和神经系统疾病,马疱疹病毒5型(EHV-5)是新发现的多结节性肺纤维化病因。马病毒性动脉炎可引起呼吸系统疾病、血管炎和流产。马2型疱疹病毒(EHV-2)、马鼻炎病毒和呼肠孤病毒是普遍存在的病毒性呼吸道病原体,感染导致的临床疾病很少。腺病毒肺炎最常见于阿拉伯马驹的严重联合免疫缺陷。亨德拉病毒(全部)(见亨德拉病毒感染)是在澳大利亚发现的一种马人畜共患疾病;该病在马中迅速致命,密切接触是疾病传播的必要条件。